目前中國的基層醫療有幾個層次，分別是社區衛生服務中心（站），街道衛生院、鄉鎮衛生院、村衛生室以及其他機構如門診部。這些基層醫療的發展在過去幾年呈現出不同的軌跡，其中特點一個是在門診上，基層的主要推動力來自村衛生室，占基層門診量的50%以上，年平均增長為7%，而鄉鎮衛生院——占基層門診24%，夾在村衛生室和縣級醫院中間處于一個尷尬的定位，發展相對較慢增長率小于5%。

　　另一方面，住院上明顯有大病向縣級醫院集中的趨勢。鄉鎮衛生院是基層住院的主體，歷年來一直占基層住院人數的90%以上，但其入院人數增長在2010年到2013年之間只有3%，而縣級醫院為14%。其他基層醫院包括社區服務機構和街道衛生院等在住院服務方面均呈現出萎縮趨勢。

　　國務院辦公廳最新公布的全國醫療衛生服務體系規劃綱要（2015-2020年）從規模上給鄉鎮醫療機構提供了幾點提示。綱要中表示“到2020年，實現政府在每個鄉鎮辦好1所標準化建設的鄉鎮衛生院。”同時，綱要中提到的公立體系中每千人常駐人口醫療機構病床數增加最快的是公立縣辦醫院，再是基層，而鄉鎮衛生院恰恰是基層住院的主體。因此在門診和住院上分別如何定位成為鄉鎮衛生院是否能存活并且發揮基礎醫療作用的關鍵。

　　目前鄉鎮衛生院的尷尬并不是數量上的，全國接近3.7萬家鄉鎮衛生院面臨的困境主要是往下如何和村衛生室在基礎問題處理上錯位競爭，往上如何與縣級醫院協調發揮不同的作用。現在鄉鎮的問題就是村衛生室在門診小病上有地理方便的優勢，而在復雜病癥的需求上，病人又傾向于直接去縣級醫院，中間的鄉鎮衛生院處在缺乏大病處理能力和小病不夠貼近需求的問題。

　　鄉鎮衛生院的平均利潤率一直在3%左右但地域差異較大，但這是在有政府補助的前提下的。事實上，政府補助占鄉鎮衛生院總收入的比例從2009年的24%增長到2013年的36%，假如沒有這些補助，鄉鎮衛生院的虧損會在50%以上。再加上藥品收入占到醫療收入的一半左右，可見鄉鎮衛生院的發展受困于外在因素，內在的服務完全沒有成為核心因素。